原核生物运动机制大致分为三种：
1.鞭毛：为最常见的一种,可能散布在整个细胞表面或集中在细胞的一端或两端.原核生物和真核生物的鞭毛完全不同.原核生物的鞭毛只有真核生物的十分之一宽,而且没有延展的细胞膜覆盖,具备独特的构造及运作.
2.丝状体螺旋(轴丝)：这是一群称为螺旋体的螺旋状细菌的特征,几条丝状体螺旋般地绕着细胞,存在于细胞壁的外鞘之下,这些丝状体的构造非常像鞭毛,其基部动力源附着细胞的任一端.相对端的的丝状体会滑过彼此,动作有点像在真核生物中的鞭毛,当他们运作时柔软的细胞会像拔塞钻一样地移动,这种机制在螺旋体穿越偶尔生活其中的高黏度环境中特别有效.
3.分泌化学物质：一些原核生物会分泌黏糊糊的化学物质并滑行其上,也许是由于鞭毛动力源存在而丝状体缺乏的缘故.
在相同的环境中,有鞭毛的原核生物可随意漫游,然而在不同的环境中,许多原核生物有反射运动的能力,朝向或远离刺激物,可能向食物或氧气移动（正趋化性）,或远离一些有毒物质（负趋化性）,几种检测特定物质的接受器分子位于趋化性原核生物的表面；行光合作用的可动性原核生物通常是展现出正趋旋光性来维持在光照下,甚至有原核生物带着微小的磁石帮助分辨上下,使细胞能朝向富含营养的池塘和浅海底部.
