微生物肥料本身一般并不含有作物生长所需要的营养元素,而是通过微生物的生命活动,改善作物营养条件,如固定空气中的氮素,参与养分的转化,促进作物对养分的吸收,分泌各种激素刺激作物根系发育,抑制有害微生物的活动等,以达到促进作物生长的目的.
微生物肥料的种类很多,按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料（如抗生菌类)、真菌类肥料（如菌根真菌类）、固氮蓝藻肥料等.根据其作用不同,微生物肥料可分为五大类：
（1）有固氮作用的菌肥,包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻肥料等.
（2）分解土壤有机物的菌肥,包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料.
（3）分解土壤中难溶性矿物的菌肥,包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等.
（4）促进作物对 土壤养分利用的菌肥,包括菌根菌肥料等.
（5）抗病及刺激作物生长的菌肥,包括抗生菌肥、增产菌肥等.
