这是复杂的问题,也就是明史上有名的“大礼议”这件事.
从血缘上看,朱厚熜和朱厚照是远房的堂兄弟.在明代并不实行“兄终弟及”这一套,所以朱厚熜以什么身份来继承皇位,明世宗与群臣的意见并不统一.有大臣主张让朱厚熜先过继为朱厚照之子,然后继位.但朱厚熜说他只是入继“大统”,不是来给人做儿子,况且辈份也不符.又有人主张是过继给朱厚照的父亲（明孝宗）为子,以兄弟名份继位.这样对朱厚熜而言应该容易接受些.但自己的亲爹就要被称作叔父,朱厚熜又不乐意了.群臣死搬礼数要朱厚熜顺从,但嘉靖帝（朱厚熜）不是个好对付的角色,把群臣搞得死的死,贬的贬,总之热闹了好一阵.
总而言之,两人可能有三种关系：
堂兄弟；（血缘上的）
父子；（皇位继承关系上的）
兄弟.（皇位继承关系上的,如认明孝宗作爹,他俩就是兄弟了.）
