实时定量PCR 引物设计的问题,

请用primer express设计就行.你想去找非常保守的区域设计引物?可以,那你把这个物种的所有亚种的此段DNA序列做一个保守型分析就行.一般来说clustal X就可以了.
再问： Clustal X排列后仍然不行的，非常乱，结果难于直接用。我一般Blast到30-50个左右的序列。
再答： 哎……其实我平时做定量就没有搞得这么复杂，为什么一定要在保守区设计呢？难道你没有此物种的DNA序列？
再问： 我做的不是对某一物种进行定量分析，如果这样就简单了，是对某一群体比如一个属，一个科，一个目进行定量分析。
再答： 哦，这样的啊。好像还有个网站可以做保守型分析http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi。你试试？PS：明天就是世界末日了，过了世界末日再说。
再问： ……因为环境微生物往往不是某一种微生物起作用，而一个群体起作用，比如地杆菌属。
再答： SO？