Behind the factory there used to --------- much waste,------

答案：D.
翻译：在工厂后面过去常常有许多的垃圾,不是吗?
1.前句采用了地点状语倒置的结构,还原后为：
There used to _____ behind the factory,______
2.很明显,这是一个最常见的there be句型,只是加上了used to（过去常常/曾经）,就变成了there used to be...；
楼主千万不要犯there have的错误,由此排除AB；
3.there be句型的反意疑问句还是用there,而不能用it,排除C.
所以D为正确答案.