贝加尔湖在勒拿河东南,属于东西伯利亚山地.
贝加尔湖位於一很深的构造山谷地带,四周高山围绕,有的高出湖面2,000公尺(6,560呎).湖底沉积层厚达6,100公尺(20,000呎).岸边有死火山遗址.地壳运动尚在继续,偶尔发生强烈地震；1862年的一次地震淹没了色楞格河三角洲北部约200平方公里(77平方哩)土地,贝加尔湖出现了一个称为普罗瓦尔(Proval)的新湾.地壳断裂处不断有新的热矿泉产生.
湖底谷地两岸地形不对称,西岸为陡坡,东岸坡势较缓.8％的湖底很浅,只有50公尺(160呎)深.曲折的湖岸线总长2,100公里(1,300哩),在巴尔古津湾、奇维尔库斯基(Chivyrkuysky)湾和普罗瓦尔湾,以及阿亚亚(Ayaya)小港和弗罗里哈(Frolikha)小港等处有很大的凹入处.东岸有一半岛伸入湖中,名圣角(Svyatoy Nos).湖中有27个岛屿,最大的是奥尔洪(Olkhon)岛,面积725平方公里(280平方哩),和大乌什卡尼(Bolshoy Ushkany)岛,面积8平方公里(3平方哩).湖水基本由各河流入,主要是色楞格河.湖水大部分由叶尼塞(Yenisey)河的支流安加拉河排出.
贝加尔湖的产生据说是因为亚洲地壳沿着一条断层慢慢拉开,出现了一条地沟.起初,这条地沟深八公里,但随着岁月流逝逐渐被淤泥填塞,从淤泥中的微生物化石可以显示其形成年代.湖底有温泉喷出,还经常发生微小的地震.有336条河流注入贝加尔湖,但只有一条河---安加拉河从湖泊流出.在冬季,湖水冻结至1米以上的深度,历时4-5个月.但是,湖内深处的温度一直保持不变,约3.5摄氏度.
