---------you----------(take) your medicine

Have you taken your medicine?
因为回答有yes,故而需要Have you这样问.
至于之后的I took it at seven与问句句法没有关联,只是回答者加上的补充信息.
之所以不用Did you是因为没有人问“你曾经吃药了吗?”而总是会问“你吃过药了吗?”.当然,如果不考虑生活,那么标准答案是Did you take your medicine?.不过我们外国语学校的老师说过,没听说过有人讲Did you take your medicine?的,不合语言使用习惯.