第十七徒被消灭后,NERV的工作似乎已经结束,各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向.这时,NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击.原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”,于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀.杀死了渚薰以后,碇真嗣无法再振作起来,整天沉浸在痛苦的思考中,无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击…… 精神崩溃了的明日香失去了生存的意志,但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间,她感受到了EVA机中母亲的存在,并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜.突破了心之障碍的明日香觉醒过来,与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗…… 为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽,在与碇源堂约定之时,来到了NERV底层中央教条的红色水池边.无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具,她的命运也会就此结束（再生?）,而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是…… 在战自的攻击之下,葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作,还要保护真嗣与明日香以及防备Seele 对初号机与二号机的物理接触,她的忙碌直至被战自的流弹击中为止.出于对碇源堂的憎恨,赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案,但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿,拒绝了自爆的提议.之后,律子被源堂射杀…… 根据《死海文书》所记载,十数年后一定会引起第三次浩劫,Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》.他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫,挑动战自攻击NERV,另一方面指挥量产机与EVA作战.Seele使用如此残虐的手段,其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式.长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯,为了防止人类“最终的悲剧”,将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”.碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失,十年后,源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类,但在那之前,源堂希望能与碇唯相聚…… “人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外,全人类失去了物质形态与绝对领域,融合成了一个整体.
