walking is a good habit.To walk is a good habit.第二句话对吗?

第二句正确!
to do sth 是动词不定式,从句子成分角度来看,这个句式可谓神通广大.除了不能做谓语外,什么语都能做.
楼主的句子是 动词不定式做主语.不过呢,常常是这样说的：
It is a good habit to walk.
用it来做个形式主语.把真正主语的动词不定式后置了.
供参考,祝进步!