I was so happy to see John again last Sunday.We---each other

hadn't seen是过去完成时,表示在过去之前就玩成了.
haven't seen是现在完成时,表示在过去完成（以现在为参考点）
而句中was so happy表示的是过去时间,句意为：我很高兴再次见到约翰,我们已经两年多没见了.已经两年多是以见约翰为参考点,见约翰有是过去时间,过去的过去当然用过去完成时