有机肥是指天然有机质经微生物分解或发酵而成的一类肥料.中国又称农家肥.其特点有：原料来源广,数量大；养分全,含量低；肥效迟而长,须经微生物分解转化后才能为植物所吸收；改土培肥效果好.常用的自然肥料品种有绿肥、人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气肥和废弃物肥料等.
绿肥 见绿肥作物.
人粪尿 人体排泄的尿和粪的混合物.人粪约含70％～80％水分,20％的有机质（纤维类、脂肪类、蛋白质和硅、磷、钙、镁、钾、钠等盐类及氯化物）,少量粪臭质、粪胆质和色素等.人尿含水分和尿素、食盐、尿酸、马尿酸、磷酸盐、铵盐、微量元素及生长素等.人粪尿中常混有病菌和寄生虫卵,施前应进行无害化处理,以免污染环境.人粪尿碳氮比（C／N）较低,极易分解；含氮素较多,腐熟后可作速效氮肥用,作基肥或追肥均可,宜与磷、钾肥配合施用.但不能与碱性肥料（草木灰、石灰）混用；每次用量不宜过多；旱地应加水稀释,施后复土；水田应结合耕田,浅水匀泼,以免挥发、流失和使作物徒长.忌氯作物不宜用,以免影响品质.
厩肥 家畜粪尿和垫圈材料、饲料残茬混合堆积并经微生物作用而成的肥料.富含有机质和各种营养元素.各种畜粪尿中,以羊粪的氮、磷、钾含量高,猪、马粪次之,牛粪最低；排泄量则牛粪最多,猪、马类次之,羊粪最少.垫圈材料有秸秆、杂草、落叶、泥炭和干土等.厩肥分圈内积制（将垫圈材料直接撒入圈舍内吸收粪尿）和圈外积制（将牲畜粪尿清出圈舍外与垫圈材料逐层堆积）.经嫌气分解腐熟.在积制期间,其化学组分受微生物的作用而发生变化.厩肥的作用：①提供植物养分.包括必需的大量元素氮、磷、钾、钙、镁、硫和微量元素铁、锰、硼、锌、钼、铜等无机养分；氨基酸、酰胺、核酸等有机养分和活性物质如维生素B1、B6等.保持养分的相对平衡.②提高土壤养分的有效性.厩肥中含大量微生物及各种酶（蛋白酶、脲酶、磷酸化酶）,促使有机态氮、磷变为无机态,供作物吸收.并能使土壤中钙、镁、铁、铝等形成稳定络合物,减少对磷的固定,提高有效磷含量.③改良土壤结构.腐殖质胶体促进土壤团粒结构形成,降低容重,提高土壤的通透性,协调水、气矛盾.还能提高土壤的缓冲性和改良矿毒田.④培肥地力,提高土壤的保肥、保水力.厩肥腐熟后主要作基肥用.新鲜厩肥的养分多为有机态,碳氮比（C／N）值大,不宜直接施用,尤其不能直接施入水稻田.
堆肥 作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与泥土、人粪尿、垃圾等混合堆置,经好气微生物分解而成的肥料.多作基肥,施用量大,可提供营养元素和改良土壤性状,尤其对改良砂土、粘土和盐渍土有较好效果.
堆制方法,按原料的不同,分高温堆肥和普通堆肥.高温堆肥以纤维含量较高的植物物质为主要原料,在通气条件下堆制发酵,产生大量热量,堆内温度高（50～60℃）,因而腐熟快,堆制快,养分含量高.高温发酵过程中能杀死其中的病菌、虫卵和杂草种子.普通堆肥一般掺入较多泥土,发酵温度低,腐熟过程慢,堆制时间长.堆制中使养分化学组成改变,碳氮比值降低,能被植物直接吸收的矿质营养成分增多,并形成腐殖质.
堆肥腐熟良好的条件：①水分.保持适当的含水量,是促进微生物活动和堆肥发酵的首要条件.一般以堆肥材料量最大持水量的60％～75％为宜.②通气.保持堆中有适当的空气,有利好气微生物的繁殖和活动,促进有机物分解.高温堆肥时更应注意堆积松紧适度,以利通气.③保持中性或微碱性环境.可适量加入石灰或石灰性土壤,中和调节酸度,促进微生物繁殖和活动.④碳氮比.微生物对有机质正常分解作用的碳氮比为25∶1.而豆科绿肥碳氮比为15～25∶1、杂草为25～45∶1、禾本科作物茎秆为60～100∶1.因此根据堆肥材料的种类,加入适量的含氮较高的物质,以降低碳氮比值,促进微生物活动.
沤肥 作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与河、塘泥及人粪尿同置于积水坑中,经微生物嫌气发酵而成的肥料.一般作基肥施入稻田.沤肥可分凼肥和草塘泥两类.凼肥可随时积制,草塘泥则在冬春季节积制.积制时因缺氧,使二价铁、锰和各种有机酸的中间产物大量积累,且碳氮比值过高和钙、镁养分不足,均不利于微生物活动.应翻塘和添加绿肥及适量人粪尿、石灰等,以补充氧气、低降碳氮比值、改善微生物的营养状况,加速腐熟.
沼气肥 作物秸秆、青草和人粪尿等在沼气池中经微生物发酵制取沼气后的残留物.富含有机质和必需的营养元素.沼气发酵慢,有机质消耗较少,氮、磷、钾损失少,氮素回收率达95％、钾在90％以上.沼气水肥作旱地追肥；渣肥作水田基肥,若作旱地基肥施后应复土.沼气肥出池后应堆放数日后再用.
废弃物肥料 以废弃物和生物有机残体为主的肥料.其种类有：生活垃圾；生活污水；屠宰场废弃物；海肥（沿海地区动物、植物性或矿物性物质构成的地方性肥料）.
其他肥料 此外还有泥肥、熏土、坑土、糟渣和饼肥等.土肥类应经存放和晾干、糟渣和饼肥经腐熟后用作基肥.
