it is a fact that 这个句型到底是同位语从句还是主语从句?

是主语从句.
虽然从语法上你也可以把that...理解为fact的同位语,但是试着翻译一下就会发现哪个理解更合理（为了解释方便,我把that后面填上内容：It is a fact that the Earth moves around the Sun.）：
1、如果理解为主语从句：地球围着太阳转是一个事实.
2、如果理解为同位语从句：它是一个地球围着太阳转的事实.（我们无从知道“它”到底指什么）
能看出来了吧?