公司规定与法律法规有冲突,小A该怎么办?

小A工作认真负责,好学好问,乐于助人.特别是对于新入职的员工,小A会非常热情地协助他们解决工作以及生活上的一些问题,大家有问题也都会找小A.小A的表现获得了从领导到员工的一致好评.可最近发生的两件事,让小A陷入了困惑.
第一件事：小A在整理人力资源制度过程中,发现公司的一些规定和法律法规有些冲突,比如说：社保缴纳的基数问题、加班工资的计算问题、还有年休假的时间等等,公司都有,但都会偷工减料.小A把这些问题向主管汇报.主管一直没答复,小A问了几次,主管最后对小A说：这些情况他都知道,公司能做到这样,他已经争取过,而且,和周边的企业比,公司做到这种情况已经算不错了,这些年来执行下来,也比较顺利.