-----had made great contributions to science is a fact A,Wha

句子的意思是“他为科学做出了巨大的贡献（这件事）是个事实”,（翻译的符合中文习惯就是：的确,他为科学做出了巨大的贡献.）
That 做主语,后面的he had made great contributions to science 是解释这个that是什么的,是个同位语从句.
要用what 的话,后面的句子要么会缺一个主语,要么缺宾语.但he had made great contributions to science是个完整的句子,所以不能用what.