1、物理作用主要是指植物根系对颗粒态氮、磷的吸附、截留和促进沉降等作用.漂浮植物发达的根系与水体接触面积很大,能形成一道密集的过滤层.当水流经过时,不溶性胶体会被根系吸附或截留.与此同时,粘附于根系的细菌在进入内源呼吸阶段后会发生凝聚,把悬浮性的有机物和新陈代谢产物沉降下来.2、微生物作用植物发达的根系不但为微生物的附着、栖生、繁殖提供了场所,而且还能分泌一些有机物促进微生物的代谢.一方面,微生物能将污水中的有机态氮、磷和非溶解性氮、磷降解成溶解性小分子,继续被植物体吸收利用；另一方面,由于在水生高等植物根系存在富氧与缺氧区,为微生物脱氮过程提供了良好的微环境条件；一部分氨氮和硝态氮直接通过硝化-反硝化过程得以去除.因此,尽管微生物起着直接作用,但植物的生理代谢活动也是不可缺少.3、吸收作用氮、磷是藻类等浮游生物生长的最主要限制因子,水体中氮、磷的含量直接决定了藻类的繁殖速率；同样植物也可以直接吸收氮、磷,同化为自身的结构组成物质,但是与藻类相比,氮、磷在植物体内的储存更加稳定,较容易通过人工收获将其固定的氮、磷带出水体.水生高等植物具有生长快的特点,能够大量吸收水体中的营养物质,为水中营养物质提供了输出的渠道；水生高等植物提高水体溶解氧,为其他物种提供或改善生存条件；提高透明度,改善水体的景观效应；同时,水生植物对藻类具有克制效应,可以抑制藻类的生长,起到改善水质的作用；并且,水生植物还是湖泊生产力的主要物质基础,能为经济水生动物提供索饵育肥和生长繁衍的场所.其实,水生植物一般通过促进湖泊河流水体中含磷物质的沉降和抑制表层沉积物的再悬浮而起到促进磷的沉积,从而降低了水体中磷的含量；将水体中的氮传输到底泥中,这对于降低湖泊河流中水体中的氮磷含量、防止水体富营养化和黑臭具有积极意义.水生植物还和浮游植物（主要指各类藻类）竞争营养物质和光能,前者个体大、生长周期长、吸取和储存营养物质的能力强,它的存在可以抑制浮游植物的生长.因此,通过恢复水生植物,可以增加系统的生物多样性,提高了系统抗干扰能力,使水生生态系统结构更加稳定.
