防止内阁专权,限制、取消议政王大臣会议的权力,从而加强君权,这是设立军机处的主要目的.明太祖朱元璋废除丞相制,其后内阁制逐渐形成,但是明代中后期内阁权力大,实际上代行了部分相权.内阁制为清代所继承.清初,国家最高权力机关是议政王大臣会议,这与君权发生了矛盾.
因此,康熙帝设立了南书房,雍正帝时期在南书房的基础上成立军机处,一切机密大政均归于军机处办理.军机处完全置于皇帝的直接掌握之下,军机大臣等于皇帝的私人秘书,其任命完全出于皇帝的意志.这样,通过军机处,皇帝可以绕过内阁和议政王大臣会议,直接控制六部和地方军政大事.内阁的权力被削弱,变成办理例行事务的机构.从而加强了皇权,丞相制的最后一点痕迹也被消除.
