二、办理皇帝交议的大政,凡遇重要政事,皇帝不能裁决的,或交军机处议奏,或密议,或交军机处会同关系衙门议奏.特交的,由军机处查议其可否,密拟办法上奏；会同议奏的,或由军机处主稿,或由所会衙门主稿,临时酌定.
三、某些重大案件,皇帝特交军机大臣审理拟定,或由军机大臣会同三法司审拟.军机大臣可在军机处提讯,也可使用刑讯.应刑讯时,选用内务府公所或于步军统领衙门进行.凡秋审案件,军机大臣也参预.
四、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放,均由军机大臣负责开列应补人员名单,交皇帝选择任用.遇科考,也由军机大臣开列主考、总裁名单,奏请皇帝选用.复试或殿试,军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任命阅卷官.
五、考查行军之山川、道里与兵马钱粮：凡有行军,军机处根据有关图书,考查山川险要,道里远近,如系边远地区,图书中没有记载的,要考查新旧档案并加谘访.应用的兵马、钱粮,则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查.遇有皇帝查讯的问题,即时呈递.
六、军机大臣可奉皇帝旨意,以“钦差”身分,往各地检查或处理一些政事.
军机处的设立,是清王朝对中央行政机构的一次重大变革,表现出清代前期政治制度高度集权的趋向.军机处成立以后,逐渐代替了清建国以来所依靠的满洲亲王,贝勒参预议政的制度,废除了议政处；同时也削弱了内阁参预国政的权力.军机处以“君权附庸”的地位,成为凌驾于内阁及各部、院之上的全国政务的总汇机关,军国大计,无不总揽.
