生物体保存为化石的机会是非常少的,自然界中腐败微生物无所不在,大部分生物在死亡之后就会被这些微生物所彻底分解.即便侥幸保存为化石,在漫长的地质过程中,腐蚀、风化、沉积、淋滤等都会“攻击”化石,导致这些化石在被发现之前就破坏掉了.\x0d一种主要的化石保存方式就是变化保存：即生物有机组织部分或全部变成新的物质,以下是几种常见的变化保存：\x0d1,碳化,通过化学反应使动植物的有机组织被水带走,只留下微细的碳痕.氮、氢、氧等元素都以气体的形式被带走,只留下生物的大体轮廓.碳化保存的生物通常有鱼、植物的叶片及木材组织等.\x0d2,矿化或石化,常见于多孔生物材料的保存,如骨骼,植物,贝壳等.这些材料被埋藏后,地下水淋滤经过他们的孔隙,其中含有的过饱和碳酸钙或硅质等就会在这些空隙中沉积,最终填充空隙保存生物结构.\x0d3,重结晶,改变了化石原来的内部结构.重结晶会破坏化石的原始生物结构,常常形成大的晶体,矿物的成份通常不发生变化,变化的只是晶体结构.例如,许多贝壳原来是由文石组成,重结晶后就变成了更加稳定的方解石.\x0d4,交待,是原始硬体组织被溶解,新的矿物在原位沉积的过程.硅化木森林就是这种保存的一个最好的例子,原始的生物材料全部被硅所取代.\x0d第二种就是未变保存（直接保存）：保存的化石没有发生变化.常见的未变保存材料通常是未发生变化的生物硬体组织,比如贝壳,骨骼,牙齿等.这些材料没有发生变化,特别是保存了某些生物的有机组织.其它的未变保存的例子包括化石珊瑚、贝壳、海绵骨骼、微体化石以及有硬体的其它生物.在特殊情况下,也会发生生物软体的保存.\x0d古生物学家们也可以通过间接证据来研究古生物.这些间接证据包括铸模,铸型,遗迹及印痕,洞穴,钻孔,粪便等.\x0d铸模和铸型是两种常见的间接证据,生物材料埋藏后被沉积物黏附.水渗入沉积物并带走生物组织,在岩石中形成一个空腔,被称为铸模.这个铸模的空腔被其它材料填充后就形成了铸型.在有些情况下,碳酸钙或石英等矿物会填充这些空腔,疏松的沉积物也可能会填充这些空腔.\x0d另外的一种间接证据就是遗迹化石.遗迹化石能提供很多生物活动的证据.有几种主要的遗迹化石：动物行走,取食,休息等留下的痕迹.例如,恐龙的足迹可以提供恐龙的大小,行走速度,独居或群居等许多信息.洞穴和钻孔是生物在地面或水底沉积物中钻隧道,可以指示动物的取食,居住活动等.粪化石是动物的排泄物化石,可以提供动物内脏的信息,以及动物的食性信息等.
