首先,我对楼主的提问并不了解的十分明确.
出于次,我只能按所了解的回答,望海涵.
量子理论是出于对实验所表现出的现象作精确描述的目的出发的,首先并没有改变物理学的本质哲学观（即：唯物论）.其次,量子力学的基础假设是建立在大量试验的表征上,也就是说并不是有某种现有（当时已有）的理论作为出发（实际上,物理学是一门试验科学,并非乌托邦类的艺术）.
所以,能量（物质的能量,比如粒子的能量）作为一种粒子运动的可观测量服从量子力学所总结的一些数学规则.它并没有和经典力学（牛顿；拉格朗日；哈密顿力学）对待能量上的差异.
当然,随着实验技术的发展（大量的现有实验技术实际上已经是建立在量子力学理论的基础上了,但这并不是说明量子力学是完全的客观理论,只是说明它对现今有卓越的贡献）,新的物理学理论正在构建,但物理学作为一门实验科学仍然需要以实验为基准.
起码对于现有的一定（空间）尺度下的粒子运动,量子力学可以做出精确的描述.
