军机处的设立是清代中枢机构的重大变革,标志着清代君主集权发展到了顶点,中央集权在不断地强化.
军机处成立后,议政王大臣会议于乾隆五十六年(1791年)废止了,内阁变成只是办理例行事务的机构,一切机密大政均归于军机处办理.军机处总揽军、政大权二端,真正成为执政的最高国家机关.军机大臣无日不被召见,无日不承命办事,出没于宫廷之间.皇帝行动所到的地方,军机大巨也无不随从在侧.但军机处完全置于皇帝的直接掌握之下,等于皇帝的私人秘书处.军机处在权力上是执政的最高国家机关,而在形式上始终处于临时机构的地位,不像正式国家机关的样子.军机处办公的地方不称衙署,仅称“值房”.军机大臣的值房称为“军机堂”,初仅板屋数间,后来才改建瓦屋.军机章京的值房,最初仅屋一间半、后来才有屋五间.军机处也无专官,军机大臣、军机章京都是以原官兼职,皇帝可以随时令其离开军机处,回本衙门.军机大臣既无品级,也无俸禄.军机大臣之任命,并无制度上的规定可供遵循,完全出于皇帝的自由意志.军机大臣的职务也没有制度上的规定,一切都是皇帝临时交办的,所以军机大臣只是承旨办事而已.“只供传述缮撰,而不能稍有赞画于其间”,这些都说明军机处是皇帝集权的最好的工具.
