基因型不同的两种个体甲和乙杂交,如果将甲作父本,乙作母本定为正交,那么以乙作父本,甲作母本为反交；反之,若乙作父本,甲作母本为正交,则甲作父本,乙作母本为反交.
在实践中,正反交常用于判断某性状的遗传方式是细胞核遗传还是细胞质遗传,在细胞核遗传中,也可利用正反交判断是常染色体遗传还是伴性遗传.具有相对性状的两个亲本杂交,若正交和反交的子代性状表现相同,则该性状属于细胞核遗传,由常染色体上的等位基因控制,例如高茎豌豆和矮茎豌豆杂交,正交和反交F1均为高茎；若正交和反交的结果不同,子代性状在雌雄性中的比例并不都是1:1,表现出交叉遗传的特点则该性状属于细胞核遗传,由X染色体上的等位基因控制,例如红眼果蝇和白眼果蝇正反交；若正交和反交的子代性状表现不相同,且子代总表现出母本性状,则该性状属于细胞质遗传,例如紫茉莉的正反交实验遗传.为了保证实验结果的可靠性,应该选择多对符合要求的亲本进行正反交.
正交：假设父本是AA,母本是aa,则受精卵是Aa(发育成种子的胚),受精极核是Aaa(发育成胚乳);珠被是aa(发育成种皮)(因为它是母本的体细胞)
反交：如果父本是aa,母本是AA,则受精卵是Aa(发育成种子的胚),受精极核是AAa(发育成胚乳);珠被是AA(发育成种皮)
