从一段DNA序列出发，是否能得到他所编码的蛋白质的三维结构？如果可以得到，如何用生物信息学的方法得到其三维结构？

不知道楼主这个问题是作为课程习题出现的还是一般性的讨论.
如果是课本中的习题,那么就是可以得到.因为归根究底,蛋白质的结构是由其相应的基因决定的,这是无可厚非的.此外,关于蛋白质的研究也表明,蛋白质的高级结构是由其低级结构决定的,也就是说蛋白质的高级结构都是有其一级结构——氨基酸序列所决定的,而决定氨基酸序列的毫无疑问是基因.
如果是深究这个问题,也有其他方面需要考虑,蛋白质的高级结构,特别是三级结构、四级结构和蛋白质所处的环境有着密切关系,比如说,相同的酶,在不同的环境下的生物学作用有差异,这个差异是酶的空间结构不同所导致的,也就是酶的三维结构不同所导致的.
所以说,能否得到它的三维结构从理论上来说是可能的,前提是必须明确其DNA序列,并进可能分析其所处的环境.
至于如何得到,这是超出理论范围的,蛋白质自然折叠的速度异常的快,是人工完全无法模拟的（一些非常短小的蛋白质除外）.
目前比较引人关注的是计算机模拟体内蛋白质的折叠,这就是著名的“Folding@Home”计划,这个计划是由美国斯坦福大学的一位生物学学者提出的,主要是利用当今强大的计算机处理能力,特别是显卡的物理加速能力.在于AMD和Intel公司取得合作和支持后以在全世界进行.
不过据我了解,这项计划并未取得实质性的进展,因为目前的云计算还没有完善,每台电脑的计算数据大多数重复切无意义.
如果楼主想要了解相关,可以百度“Folding@Home”,而且楼主如果注意到,可以发现在安装较新的显卡驱动程序时会附带有这个程序.通过这个程序楼主可以清楚地看到,在体外模拟蛋白质的折叠的效率同体内蛋白质折叠简直是天壤之别!