自从中华人民共和国在1949年成立,中华民国政府迁台之后,宣布停止台湾地区对大陆的一切形式的通商、通航和通邮.期间两岸居民被禁止往来长达近40年,中间亦发生数起两岸间的劫机事件.
及后在1980年代中国大陆改革开放,首先引进香港的投资者到内地设厂生产,令中国大陆沿岸地区经济「先富起来」.1987年大陆放宽台湾居民以探亲名义到中国大陆,两岸民间的交流渐见繁忙.由於福建省和台湾只隔一水对望,地缘关系使很多台湾人到福建省探望被分隔多年的宗亲.
基於当时两岸仍在意识形态上有重大的分歧,重现三通的机会极微,但实际上两岸居间在福建沿海和金马地区早已有经济上的交往.1992年3月中国福建省提出「两门对开,两马先行」的「小三通」构想.这是由於「两门」（即大陆的厦门和台湾的金门）和「两马」（即大陆的马尾港和台湾的马祖）均只是相距咫尺的地方,在此进行小规模的「三通」是可以说是在当时的限制中,带来有利於两岸民间发展的办法.
初步的小三通构想,是在马尾、厦门、湄洲湾兴建供两岸直航的专用码头,在厦门、金门两岛间铺设海底电缆,和准许到大陆的台湾人在福州、厦门两机场办落地签证
1994年1月由中国大陆片面地实施《关於对台湾地区小额贸易的管理办法》,指定福建、浙江、江苏、上海、山东等东南沿海口岸,由台湾居民和大陆对台小额贸易公司进行「小额贸易」,「小额贸易」并不等於一般性的进出口业务.大陆当局将这种小额贸易定性为非官方的直接贸易和经济交流.
1994年6月由金马爱乡联盟提出《金马与大陆小三通说帖》,表达希望能以「单向通航」、「定点直航」或「先海后空」、「现货后客」等方式,渐渐进行小三通.
1997年4月19日,两岸开始进行高雄与福州、厦门间的「不通关、不入境」的境外通航.
及至2000年3月21日,中华民国立法院通过《离岛建设条例》第18条,订明「为促进离岛（指澎金马地区）发展,在台湾本岛与大陆地区全面通航之前,得先行试办金门、马祖、澎湖地区与大陆地区通航」（俗称小三通条款）,条例於同年4月5日实施.
2000年12月13日,中华民国行政院根据《离岛建设条例》通过《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》,以作为小三通的管理依据.并於2001年1月1日开始实施,定点定时的货客运通航.目前有「金门—厦门」、「马祖—马尾」、「金门—泉州」的小三通固定航班.
民进党在执政的最后数个月,研议放宽小三通的限制,将其放宽为「中三通」、但可能会要求旅客在金门马祖过夜.但是要注意的是,金马没有能力承担所有台湾人往返中国大陆的需求,而扩建机场也无法解决.
2008年6月19日,扩大小三通方案19日正式公告实施,即日起,只要持有两岸入出境有效证件,就可以从金门或马祖进出中国大陆.陆委会主委赖幸媛说,扩大小三通是政府照顾金马地区民众的一项政策,缓和未来两岸直航所带来的影响. 扩大小三通方案下午正式公告后,在金门码头,一艘戴著200多名乘客的客轮随即从金门出发,驶往对岸,成为扩大小三通实施后的第一个航班. 资料来源:http://www.rti.org.tw/News/NewsContentHome.aspx?NewsID=115406&t=1
这样的全面开放,造成的结果符合民进党的预测：马上造成金马居民困扰,因为大量利用小三通的旅客挤爆了金马航线,造成部分当地居民买不到机票的后果.
