盛怒中的汉武帝听了司马迁这番话,认为他是为李陵辩解,是在故意贬低当时正在打匈奴而又很不顺利的李广利,于是命令把司马迁判为死罪（或以腐刑代替）.汉武帝时代,判了死罪的可以出钱五十万减死一等.但家境并不富裕的司马迁拿不出这一笔钱,只能受「腐刑」（宫刑）来选择「偷生」这条路.不幸的遭遇,使司马迁精神受到极大刺激,曾一度想自杀,但他想起了父亲的遗言,又以古人孔子、屈原、左丘明、孙子、韩非等在逆境中发愤有为鼓励自己,终于以惊人的意志忍辱负重地活了下来.身心备受摧残、忍辱含垢生活的司马迁深知,「人固有一死,死有重于泰山,或轻于鸿毛」.他决心以残烛之年,完成父亲要他完成的史书.经过六年的囚禁生活,征和元年（前93）终于出狱.武帝对司马迁的才能还是爱惜的,任命他为中书令.从此他埋首奋发著述,终于完成了「究天人之际,通古今之变,成中家之言」的巨著——《史记》.
