细菌通常与酵母菌及其他种类的真菌一起用于酦酵食物,例如在醋的传统制造过程中,就是利用空气中的醋酸菌（Acetobacter）使酒转变成醋.其他利用细菌制造的食品还有奶酪、泡菜、酱油、醋、酒、优格等.细菌也能够分泌多种抗生素,例如链霉素即是由链霉菌（Steptomyces）所分泌的.
细菌能降解多种有机化合物的能力也常被用来清除污染,称做生物复育（bioremediation ）.举例来说,科学家利用嗜甲烷菌（methanotroph）来分解美国佐治亚州的三氯乙烯和四氯乙烯污染.
人类时常利用细菌,例如奶酪及优格的制作、部分抗生素的制造、废水的处理等,都与细菌有关.在生物科技领域中,细菌有也著广泛的运用.
