不同分子的根本区别是------；不同原子的根本区别是------；不同元素的根本区别是------．由分子构成的物质，

不同分子，性质不同，其根本区别是分子结构不同；
不同原子，核电荷数不同，其根本区别是核电荷数不同；
不同元素的根本区别是质子数不同，即核电荷数不同．
由分子构成的物质，发生物理变化和发生化学变化的本质区别是发生物理变化时，构成物质的分子不发生改变，发生化学变化时，构成物质的分子发生改变．
故答案为：分子结构不同； 核电荷数不同； 核电荷数不同． 发生化学变化时，构成物质的分子发生改变．