情况是那样的
大航海时代的开始：
首先的原因,葡萄牙由于人口和面积明显处于劣势,但是作为一个统一主权国家的时间相对比较早,在15世纪中期之前,卡斯蒂尼亚和阿拉贡,还是2个相互独立的王国,西班牙没有形成,而此时,葡萄牙已经作为一个中央专制的单一制国家多年,在15世纪中前期的恩里克王子,若奥二世的大力支持下,迪亚士和达迦马,已经逐步建立了沿着非洲西海岸进入印度洋,并控制印度和非洲沿岸一些贸易点进行早期殖民活动,此时葡萄牙的航海事业已经有一定基础了.
在航海事业上,西班牙地区是相对后起的,在南部的安达卢西亚15世纪中前期还有一些残余的穆斯林据点,卡斯蒂尼亚和阿拉贡必须花不少精力和物力清除它们.
后来卡斯蒂尼亚和阿拉贡通过联姻方式,实现了合并,形成了一个比葡萄牙综合上要强大不少的西南欧大国,同时,西班牙方面,哥伦布发现了美洲（他当时认为是印度）.这一点,若望二世主动找西班牙王室进行谈判,并找在当时的欧洲最有影响力的罗马教廷进行仲裁,1494年签订的《托德西利亚斯条约》,1529年签署的《萨拉戈萨条约》,基本上对西葡两国发现的海外殖民地和贸易据点,是比较均衡的划分,（俗称教皇子午线）这对于国力相对弱小的葡萄牙来说,是非常成功的,这不能不说若望二世是一个出色的君主.
葡萄牙繁荣后的危机：
殖民事业为小国葡萄牙带来了滚滚贸易利益,也推进了葡萄牙文化和技术的发展.然而危机则接踵而来.
原因：
1.美洲,非洲南部,印度那些地方的贸易事业变大后,就不再是原来那个主要是依靠南欧-西北非小区域贸易得利的葡萄牙了,之前,葡萄牙船队活动的经费,主要是某一个王子或大商人承担的,然而,新兴的跨大洲贸易所需的成本,难以靠某个个人承担得起的.
2.在葡萄牙,由于不同于当时的欧洲西北部地区和意大利的情况,葡萄牙缺乏较为独立的具有相对繁荣制造业的自由城市,也不同法国或波兰那样有充足的农耕土地,海外殖民事业并没有对葡萄牙本土的工农业实际生产方面带来进步,反而是过于充足的贵金属货币,让葡萄牙当时国民生活变得奢侈,同时也让该国成为一个绝大部分生产-生活产品都依靠进口的国家.
3.在16世纪中期,西班牙,罗马教廷和意大利诸城市联合海军击败土耳其帝国海军的勒班陀海战后,土耳其人自海路的侵略停止了,近东地区重归稳定,地中海贸易重新开始兴盛,西班牙可以通过地中海路线（当时西班牙在康布雷同盟战争后控制了意大利南部）,就近获得了香料通道,对葡萄牙依靠远洋运输（要绕道南非好望角）葡萄牙香料转口事业,由于前者的低成本,葡萄牙香料贸易遭受了沉重打击.
4.1554年上任的葡萄牙国王塞巴斯蒂奥,年少冲动,思想上还是中世纪欧洲骑士进行圣战的军事英雄主义,加上得到了葡萄牙旧贵族的支持,在北非战场上对摩尔人进行了以小搏大,以弱搏强的陆战,惨败身亡.是后,引起了葡萄牙国内君主继承权的混乱,给了西班牙国王菲利普二世之后兼并葡萄牙可乘之机.
被西班牙兼并的60年：
年轻而且无子女的国王塞巴斯蒂奥一去不回之后,红衣主教、塞巴斯蒂奥的叔爷爷恩里克（史称“纯洁恩里克”）继承了王位,由于是主教,纯洁恩里克同样无子.此时,西班牙王菲利普二世凭借和葡萄牙王室的姻亲关系,借机宣称他的葡萄牙王位继承权是无可争议的.这样,由于西班牙军事上的强大,菲利普二世根本不理睬葡国平民代表在议会中的反对,重兵囤积在西葡边境.
红衣主教恩里克去世后,另一个王位继承资格者----克拉托修道院院长安东尼奥,尽管得到了葡萄牙平民的支持,但这些乌合之众根本不是训练有素的西班牙军队的对手,在加上菲利普二世重金收买了葡萄牙主要城镇的上层人士,最终一介书生安东尼奥被迫流亡西班牙的主要宿敌----英国和法国.这样,葡萄牙开始了被西班牙事实上兼并的60年.
值得一提的是,尽管菲利普二世在位期间,出现了西班牙“无敌舰队”惨败于英国的事情,（此役,参战的葡萄牙海军最后也所剩无几）,但他总体上是一个伟大的君主.他对葡萄牙进行了怀柔政策,期间,葡萄牙原有的法律制度,传统风俗,贵族和富商既有的特权都不变,萄牙人可以受命在西班牙担任公职；东方贸易仍由葡萄牙人直接经营,同时西葡两国之间取消妨碍商品流通的种种限制和赋税,必要时西班牙将派舰队为葡萄牙商船护航.期间,葡萄牙地区经济还是发展不错的,在1589年,西班牙无敌舰队惨败后,修道院长安东尼奥曾经派遣了一支英国雇佣军潜回国,里斯本市民都选择了关闭城门的“抵抗”.
问题主要是出现在1598年菲利普二世去世以后,其子菲利普二世（西班牙称三世）继位.他在历史上的绰号是“虔诚者”（o Pio）,但是正是在他的任内西班牙—葡萄牙帝国遭遇了前所未有的危机.
其实错也不在他本人,有道是盛极必衰,西班牙的劫数到了.首先是美洲的银矿出现了枯竭的迹象；其次在1605年,由于宗教上的原因,国王策动了一场驱逐摩尔人的运动,将格拉纳达地区的阿拉伯人后裔逼走,结果是让西班牙失去了一大批技术高超的手工艺匠人.英国和荷兰也在此时崛起,不断骚扰着西班牙和葡萄牙的殖民地.连年的战争开支使帝国的国库日渐吃紧,西班牙渐渐无力顾及葡萄牙的海外属地了.于是曾经是葡萄牙人天下的印度洋成为了英国人和荷兰人的舞台.1609年荷兰人占领斯里兰卡；1617年开始葡萄牙人又在日本受到荷兰人的刁难和排挤；1622年在英国人的支持下,伊朗将霍尔木兹海峡夺了回去；1637年荷兰甚至占据了几内亚湾的一部分地区.最令葡萄牙人忍无可忍的是1623年至1630年巴西的几个重要港口竟也落到了荷兰人手中,其中包括作为巴西首府的圣萨尔瓦多和最富饶的伯南布哥地区!
1621年,西班牙王菲利普三世去世,菲利普四世继任,为了填补军费造成的漏洞,政府加重了税收.这样,葡萄牙人起义了,西班牙统治者看到葡萄牙国内不稳定的形势,决定结束其半独立的状态,但这很明显的,菲利普二世的对葡萄牙贵族的怀柔政策也成为废纸了,原本最认同西班牙国王的贵族们,进而作为了追求葡萄牙复国的急先锋.1640年5月,巴塞罗那爆发了起义；为了镇压这次起义,葡萄牙的贵族们都收到了动员令,让他们去加泰罗尼亚参战.这项动员令让忍耐已久的上层阶级也坐不住了.大家开始聚集在当年的王位继承人女公爵卡塔琳娜的孙子、如今的布拉甘萨公爵若奥的周围,策划着一次干脆彻底的行动.
1640年12月1日上午九点左右,40名王公贵族突然冲进里贝拉王宫,控制了宫廷卫队,随后抓出来代表菲利普行使权力的他的表妹曼图阿女公爵和她的国务大臣.在将后者处死之后,这些人逼迫女公爵命令圣若热城堡和特茹河各要塞的西班牙守军立即缴械投降、不得抵抗.一切办妥之后,他们才走出王宫,号召人民起来欢呼葡萄牙的光复.15天之后,布拉甘萨公爵正式加冕成为葡萄牙国王,称若奥四世.布拉甘萨王朝就此建立.
葡萄牙复国了,但再也不是那个在大航海时代初期强盛的葡萄牙,由于西班牙军队的反攻,弱小的葡萄牙不得不寻找强国的支持,主要包括英国,荷兰等欧洲北半部主要新教国家,还有西班牙人更渊远的宿敌----法国人.但是,这光复外交所需要的支持,代价太大了.
的确英葡同盟源远流长,但这次不同的就是英国当时国王倒台,克伦威尔在位,葡萄牙人,在现实面前,不得不放弃了流亡于里斯本的英国保王党残余,接受了克伦威尔提出的苛刻的条件,这是一个新的同盟条约,但很显然,对于葡萄牙经济长远发展很不利；荷兰方面,新的拥有大业的“小国”只是接受了葡萄牙人善意的欧洲范围内,在海外,荷兰继续进攻葡萄牙的殖民地,直到后来的1661年,葡萄牙在无奈之下做出了让步,放弃当时荷兰占领下的海外属地,并且给予荷兰商人类似于英国商人在葡萄牙属地上的贸易特权.至于法国人,法国根本都不理睬葡萄牙的希望.
