1376年（洪武九年）改行省为承宣布政使司,但习惯上仍称“省”.1370年于各省设置一都卫,1375年改为都指挥使司.1428年弃安南后,明朝在全国设置两京十三使司,包括京师（北直隶）、陕西、山西、山东、河南（以上为北五省）、南京（南直隶）、浙江、江西、湖广、四川（以上为中五省）、广东、福建、广西、贵州、云南（以上为南五省）.共设置16都司、5行都司、2留守司.其中十三个是与布政使司同名的都司,其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司.五行都司是陕西（治甘州卫,今张掖）、四川（治建昌卫,今西昌）、湖广（治郧阳卫,今湖北郧县）、福建（治建宁府,今建瓯市）、山西（治大同府）.两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司.此外,在政教合一的青海、西藏地区设置有乌思藏都司、朵甘都司（实际控制为当地宗教首领八大法王分辖各政教中心的寺院,还有各诸侯家属封地）,另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫,以上均属羁縻性质,与内地的都司、行都司性质不同. 明朝实行一省分置都、布、按三司的制度,原为防止地方权力集中.宣德后开始派部（六部）、院（都察院）大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政.景泰朝之后成为各省常制.总督主要署理军务,分短期与长期两种.巡抚主理民政,每省皆有,有的一巡抚辖两布政使地,如正统年间和山西河南巡抚.有的一省一巡抚.有的一省几巡抚.如北直隶有顺天巡抚（驻遵化）、保定巡抚（驻真定,今河北正定）、宣府巡抚（驻宣府镇,今河北宣化,一度兼领山西大同府）三巡抚；南直隶有两巡抚：应天巡抚（驻苏州府,今江苏苏州）、凤阳巡抚（驻淮安府,今江苏淮安楚州）.有的在几省交界处设置一巡抚,如南赣韶汀巡抚就越江西、广东、福建三省. 据《明史·地理志》记载,终明一朝有府140,州193,县1138.而根据《明史·兵志二》记载,明有卫493,所359.此外,明还设置了介于省和府、县之间的道.道分为分守道和分巡道两种.明代并改元的路为府,以税粮多寡为划分标准.粮廿万石以上为上府.廿万以下十万以上为中府,十万以下为下府.
