蚂蟥的消化系统十分的完善,由口、口腔、咽、食道、嗉囊、肠、直肠和肛门等部分组成.
口腔内有三个颚,背面一个,侧面各一个,颚上有角质纵嵴,嵴上各具一列细齿,如医蛭在吸血时,用前吸盘紧吸宿主的皮肤,然后由颚上齿锯开一个“Y”形的伤口,进行吸血,在吸血的同时,咽腺（又称）唾液腺,分泌一种扩张血管的类组胺化合物,有抗凝血作用,可使宿主的伤口流血不止.（2）口腔下接咽,咽之后接短的食道,末端通入大的嗉囊,嗉囊共有11对,未对最长,因嗉囊容量大,故吸血量可超过其体重6倍,可供胃和肠几个月的消化,以上结构都是对暂时寄生性吸血习性的适应.（3）蚂蟥吸血时,由唾液腺产生抗凝剂（蛭素hirudin）使血液不致凝固,唾液中可能含有麻醉剂,因为当蚂蟥吸血时人不感到痛,而不易察觉,甚至当用碘酒擦伤口时也不痛. 蚂蟥胃肠道的侧面有若干对盲囊,吸饱血之后,这些盲囊充满血,这些血不仅长期不凝固,也不腐败,但是由于水和NaCl被除去而使大大浓缩,如在山蛭吸血后第19天,消化管内的血液重量减少40%以上,吸血蚂蟥的消化管不分泌淀粉酶和脂肪酶,有外肽酶（如二肽酶、羧基肽酶、氨基肽酶）,因此消化过程很慢,1953才发现蚂蟥的嗉囊中有一种细菌,正是这种细菌可以慢慢分解血红蛋白
