喀什地区处在中亚腹部,受地理环境的制约,属暖温带大陆性干旱气候带.境内四季分明、光照长、气温年和日变化大,降水稀少,蒸发旺盛.夏季炎热,但酷暑期短；冬无严寒,但低温期长；春夏多大风、沙暴、浮尘天气.因地形复杂,气候差异较大,大体可分为5个区：
一、喀什平原气候区.包括喀什北部、中部广大冲积平原地区,年平均气温在11.4℃～11.7℃,年降水量39～664毫米,春夏秋冬四季分明.气温年变化和日变化大,降水变化显著.日照长,蒸发强,气候干燥.冬季低温期长,夏季长而炎热.春季升温快,常有倒春寒；秋季短促,降温迅速.春季多大风、沙暴.浮尘日数频繁.
二、沙漠荒漠气候区.喀什南部、麦盖提东部和叶城东北部,属塔克拉玛干沙漠荒漠区.大陆性气候极显著,年平均气温在1113以上,冬季寒冷,夏季酷热,冷暖变化剧烈.降水稀少,气候干燥,年降水量在40毫米以下.风沙多,日照强.
三、山地丘陵气候区.叶城中部,巴楚和伽师北部,疏附、英吉沙和莎车西部海拔 1500～3 000米处山区丘陵地带.年平均气温在11℃以下,冬季较长,夏季短促,年降水量在70毫米以上,主要集中在夏季,时有大雨甚至暴雨山洪发生.山区河谷地带气候适宜,夏季温热,冬季偏暖.
四、帕米尔高原气候区.主要是塔什库尔干塔吉克自治县.年平均气温在5℃以下,冬季漫长寒冷,夏季温和.降水较少,主要集中在春夏两季.大风日数多,光照充足,辐射强,天气晴朗.
五、昆仑山气候区.主要包括塔什库尔干塔吉克自治县南部和叶城县南部.年平均气温在5℃以下,山峰终年积雪,气候严寒,空气干燥,低压缺氧,风大雪多,天气多变.全年可分为冷暖两季.
