thunderstorm is most likely.

这里不是一个主谓宾结构,是一个主系表结构.likely是个表语,不是宾语.
单看上面这句话的意思是“最有可能是一场雷暴”.
另外,这里likely是形容词,不是副词,most是个程度副词,形容词不能做宾语,但可以做表语,比如“She is beautiful”