孔子的祖先是商朝的宗室,到周朝时被封于宋国(今河南商丘),故他可以说是殷商(华夏族)的贵族后裔.三监之乱后,周公以周成王之命封商纣王的庶兄,商朝忠正的名臣微子启于宋国,死后葬于宋国故地（今商丘市睢阳区）,建有微子祠.微子启死后,其弟微仲（孔子的先祖）即位.后移居鲁国.
孔子的父亲叔梁纥（叔梁为字,纥为名）是鲁国出名的勇士
叔梁纥先娶施氏曜英,生九女而无一子,其妾生一子孟皮（嫡长子排行称伯,庶出长子排行称孟）,但有足疾.在当时的情况下,女子和残疾的儿子都不宜继嗣.叔梁纥晚年又在外纳颜氏第三女征在为妻,生孔子,因出生之前曾在尼丘祈祷,故起名为丘,排行第二,故字曰仲尼（以上据《孔子家语.本姓解》载：叔梁纥,虽有九女而无子.其妾生孟皮,孟皮一字伯尼,有足病.于是乃求婚于颜氏.颜氏有三女,其小曰徵在.……私祷尼丘之山以祈焉,生孔子,故名丘字仲尼） .
孔子三岁的时候,叔梁纥病逝.叔梁纥死后,施氏和叔梁纥的家人不喜欢孔子母子,没有善待他们.颜征在唯有带着孔子离开,移居曲阜阙里,独自抚养孔子,过着清贫的生活.到了十七岁时,孔子的母亲也去世了.
孔子十九岁成亲,娶宋国亓官氏的女儿（有说朱国兀氏）为妻,次年生了唯一的儿子孔鲤.孔鲤比孔子早死,有遗腹子孔伋.
