I know she didn't pass the qualifying exam,but really she's-

anything but 是一个固定词组,意思是：.除…之外任何事(物)都…,根本不…
Did you enjoy your holiday?—Anything but.
你的生日过得快乐吗?——没有什么特别的.
She is anything but a beauty.
她一点也不漂亮.
所以你给的句子意思是：
我知道她没有通过资格考试,但是她一点儿也不笨.
nothing but=only 只有
而其他选项没有这样的搭配,所以排除.