The atomic structure is ,as it were ,a miniature solar syste

翻译为：这原子结构,就像是微缩版的太阳能系统.
as it were ,这是插入语,意思是：似乎就是.不影响句子成分.
在一个句子中间插入一个成分,它不作句子的何种成分,也不和句子的何种成分发生结构关系,同时既不起连接作用,也不表示语气,这个成分称之插入语.
这是插入句子.类似的还有插入形容词短语,介词短语等.
参考