I wonder why it is so dark.There -----be a heavy rain coming

must be 是表示肯定的猜测,这个你应该可以理解.
should be 其他的意思不说了,在表示对未来预期的这个意思的时候,它是按照时刻表或者某些规则发生的,比如说我今天去修车子,问师傅什么时候能修好,师傅说tomorrow should be fine,这里的should是根据师傅的修车经验和综合其他车子排队情况来看的,有一定的经验和规律性.

将要下雨,只是一个人对天气的猜测,must 更好一些.