边防武警是纳入武警部队序列、由公安部领导的现役部队,由公安部下属的边防管理局领导.主要担负着保卫国家领土主权安全,维护沿边沿海地区安全稳定的职责.执行国（边）界武装巡逻、警戒,口岸边防检查,边境及海上治安管理,防范打击潜入潜出,打击偷渡、走私、贩枪、贩毒及其他跨境犯罪,开展涉外边防合作,处理边界事务等任务.
海关是国家进出境监督管理机关,最高机关是国务院下属的海关总署.基本职能是：监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品；征收关税和其他税、费；查缉走私；编制海关统计；办理其他海关业务.
从缉私的角度说,两个部门的职责比较接近,而非楼上所说一个是陆上一个是海空.
通过上述的表述可以看出,边防武警更多体现了一个“防”字,有军事化特点,而海关则在一个“管”字,是政府职能部门
边防武警穿的是绿色武警制服,实行将、校、尉、士官和兵的警衔制度；海关穿的是黑色制服,实行海关总监、关务监督、关务督察、关务督办和关务员的关衔制度.此外,在海关内部还有穿黑色民警警服的缉私警察,由海关总署与公安部双重领导,实行警监、警督、警司和警员的警衔制度
