事业单位实现的结余应按规定对其进行分配.结余的分配涉及到国家、单位、个人等各方面的利益,必须按照国家的法规、制度规定办理.《事业单位财务规则》规定,事业单位专项结余不参与结余分配.事业单位的结余扣除专项结余后,要按下列程序分配：一是按规定交纳所得税.二是上缴上级款.三是按核定比例提取职工福利基金.四是转作事业基金.“结余分配”科目核算事业单位当年结余分配的情况和结果.贷方登记结余转入数,借方登记结余分配数,本科目贷方余额为未分配结余,借方余额为未弥补差额.经年终转账后,“结余分配”科目无余额.“结余分配”科目一般应设置以下明细科目：应交所得税、应缴上级款、提取职工福利基金、提取事业基金、未分配结余——事业结余、未分配结余——经营结余.
