我就我们学校（南京信息工程大学）的这两个专业来说说吧,其他学校的就不是很清楚了.这两者都是属于大气科学类的专业,应用气象偏向于农业,曾经也叫农业气象学,大气科学偏向于天气动力学,分析天气图,做观测预报之类的.不过现在随着各学科的不断融合,这两个专业在专业课程上的区别越来越小了,专业课学的基本上一样,只是在专业方向选修课上差距较大.应用气象学分城市气象学方向和农业气象学方向.城市气象课程为：防雷工程设计,污染气象,城市生态学,城市气象学等；农业气象为课程为：植物生理学,农学,土壤学,生态学等.大气科学现在大概有三个趋势：数值模拟,天气动力,气候方面.我就说一下我熟知的天动方面的,它的专业选修课分为业务型和学术型.学术型的主要和数学物理打交道,比如流体力学,数理方程,理论力学等；业务型的主要针对在以后毕业进气象局后的具体事务,有雷达气象学,卫星气象学.
总的来说,应气是一门相对来说比较传统的学科,很容易与其他学科相融合,大气科学则与高科技术关系密切,是一门技术含量很高的学科,但是前者基于高融合性,所以学应气的容易出成果,而大气科学主要是和计算机打交道,对编程能力要求相当高.
