果蝇的红眼（A）对白眼（a）为显性，控制眼色的基因位于X染色体上，双亲中一方为红眼，另一方为白眼，杂交后代中雌果蝇与亲代

A、因为果蝇个体发育的起点是受精卵，则体细胞中基因型相同，即亲代雌果蝇和雄果蝇的体细胞中不存在与眼色有关的等位基因，故A正确；
B、分析题意可知，两个亲本的基因型为X^aX^a、X^AY，F₁雌雄个体的基因型分别为X^AX^a、X^aY，F₂个体的基因型为X^AX^a、X^aX^a、X^aY、X^AY，F₂中出现红眼果蝇的概率为
1
2，故B错误；
C、若F₁雌雄个体交配，F₂个体的基因型为X^AX^a、X^AY、X^aX^a、X^aY，表现型为红雌：红雄：白雌：白雄比例为11：1：1，故C正确；
D、两个亲本的基因型为X^aX^a、X^AY，F₁雌雄个体的基因型分别为X^AX^a、X^aY，F₂个体的基因型为X^AX^a、X^aX^a、X^aY、X^AY，F₂雌雄个体的基因型不是与亲代相同，就是与F₁相同，故D正确．
故选：B．