呼吸器官的起源,随着各生物的种类而异,但其方式和形状与机能相适应而呈趋同状态,一般水中呼吸的动物总称为鳃（鳃呼吸）,空气呼吸动物总称为肺（肺呼吸）,各具有类似的性质.但是陆生的节肢动物,有发达的称为气管系的独特的空气呼吸器官.鳃大都是突出于体表,适于外部的水与其表面接触.与此相反,而肺和气管则深入体内,适量地摄入空气,并防止由蒸发而引起的水分损失.空气呼吸器官为了通气多少需要活泼的呼吸运动,鳃呼吸动物的呼吸运动也常常是作为辅助机能而出现.这是对水中气体扩散速度低的一种适应.从系统发生来看,鳃发达的为环节动物、软体动物和节肢动物,在无脊椎动物中其居于高等的地位,可认为这种呼吸器官与生殖器官、消化器官相比,发展的比较晚.脊椎动物早先可能是用皮肤和消化管进行呼吸,就是现在在相当程度上也进行皮肤呼吸（例如蛙）和肠呼吸（例如泥鳅）.不论是鱼类或两栖类其幼体的鳃,或两栖类成体及羊膜类的肺,都接近消化管的前端,即由咽部分化而来.从而在发生学上将消化管的部位有时被称为鳃肠.
