I think it's a great honour to be invited to visit your coun

没有区别,只不过第一个句子think后接的是从句,第二个句子think后接it作形式宾语.通常情况下,应该选择简单的结构,即一个单词可以解决的,就不要用短语,一个短语可以解决的,就不要用从句,所以呢,第二个句子更好.
另外再给个意见：I think it a great honor to be invited to your country. 就足够好了,加上那个to visit其实很多余,或者说,很“中国”