反相色谱中,固定相非极性,流动相极性.
典型的流动相一般是水或水系缓冲液与甲醇、乙腈或四氢呋喃的混合物.典型的固定相是用脂肪烃硅完化的硅胶键合相,其它用于反相色谱的基质有石墨化碳和苯乙烯-二乙烯苯基质.反相色谱的性能还受残留的硅醇基的活性的影响.硅醇基与洗脱物的极性基团作用.因此,根据硅醇基的活性不同,填料显示出不同的选择性.而且,常能观察到碱性物质在硅醇基活性高的填料上产生拖尾峰.修饰硅醇基活性的一个办法是封端,即用硅烷化试剂把硅醇基转变成三甲基甲硅烷基基团.不过,即使是作了封端,基质表面的硅醇基密度还是比键合配基的密度大.硅醇基的活性也和硅胶的预处理（基质灭活）、硅胶纯度有关.碱性分析物的色谱分析推荐使用高纯度硅胶基质、充分封端的键合相.未封端的填料在许多应用中有可以获得不同选择性的优点.
使用带有离子电荷的固定相,使根据洗脱物电荷进行分离成为可能.对于硅胶基质的离子交换填料,离子基团通过标准的硅烷化技术键合到硅胶表面.对于聚合物基质的离子交换填料,离子交换基团分布于交联聚合物的整体（through the matrix）.有四种离子交换填料：强/弱阳离子交换填料和强/弱离子交换填料.弱离子交换填料的特征是电量与pH值有函数关系.以羧酸基为功能基的离子交换剂是弱阳离子交换剂的代表.弱阴离子交换剂由一级、二级、三级铵为功能基.大部分强离子交换剂的电荷与pH值无关.四级铵形成强阴离子交换剂,而磺酸基构成了强阳离子交换剂.所有这些离子交换基团都可以在聚合物基质上见到,主要用于分离生物大分子.除了弱阳离子基团外,其它功能基都可以键合到硅胶上.
反相色谱柱 C18、C8柱
