朱翊钧即位时年仅10岁,由大学士高拱、张居正、高仪辅政.张居正接任首辅后,在李太后的支持下,于万历元年(1573年)进行政治经济改革.在政治上整顿吏治,实行考成法,对各级官吏进行考察,作为升迁、黜陟的依据.在军事上整饬军备,加强边防,选用能征善战、带兵严格的将领,对蒙古采取安抚睦邻政策.在经济上清丈全国田地,推行一条鞭法,基本内容是赋役合并,化繁为简；统一役法,摊丁入地；田租征银：官收官解.这称得上是我国赋税制度的一次大变革,促进了货币经济的发展.张居正还治理黄河,取得了很好的效果.这些措施使社会矛盾有所缓和,国势渐见中兴.当时太仓的积粮可支用10年,国库钱财多达400余万,处于统治危机之中的朱明王朝出现了短暂的复苏和繁荣.
可惜好最不长,万历十年(1582年)张居正死后,反对改革的官僚纷纷起来攻击、诬陷张居正.朱翊钧下诏追夺张居正的封号和谥号,还查抄张家.改革被废止,朝廷又一天天地走向没落.朱翊钧是一个尽情享乐的皇帝.他成年亲政后,却不常视朝,深居内宫.不仅在世时要享受,还想到死后的安乐,早早筹划自己陵寝,建造定陵耗时达6年之久.他还有一个不择手段亲自敛聚钱财的恶习,提倡官吏向他进奉,把进奉财物的多少作为衡量官吏是否效忠皇上的标淮.为了在全国范由内聚敛民财,他派出大批宦官,分赴各地充当矿监、税使,肆意搜括民脂民膏.这使得人心汹汹,民变纷起,社会越发动荡不安.
万历中后期长达20年不上朝,有非常有名的六准和六不准.
万历不上朝主要原因是皇权与文官制度发生了剧烈冲突,皇权受到压抑,万历用消极方式对抗.但是有两点万历仍然值得肯定,其一万历皇帝并没有因大臣与之作对甚至漫骂皇帝贵妃而杀掉一人,是相当宽仁的.其二不上朝并不是不办公,万历年间的国家大事小情都是万历处理的,大的比如万历三大征,特别是明、日的壬辰战争一直在万历指导下进行.小的比如利玛窦进京传教,建立教堂,月供乃至墓地都是在万历过问下得以顺利进行的.西方传教士对万历充满敬意好感,东西方文明得以交流,万历是起到了相当大的作用的.
其二,派太监设立矿监、税监敛财肯定是不好的一面,但是我们应该具体分析,矿监的出现是万历下旨从此天下可以开矿了,初衷并非与民争利,由此矿监才派出.太监把经念歪了,闹得乌烟瘴气.这段弊政大概有四年.四年后万历终止太监出宫敛财,但是矿禁却取消了.无疑从此促进资本主义经济萌芽的发展.各国历史上封建国家都对工商业攫取的过多利润加以剥夺.明王朝所为只是巧立名目,加大征税比率.没有出现汉武帝时期命令商人拿出一半家产以佐官府导致“商贾中家以上大率破”.但是明代工商业者已经成为相当强大的社会力量,对于这种加税也不能忍受.出现大规模的反对矿监,税使的民变不断发生.（参见《儒家文明》）从新事物的成长角度来看,有适当的冲突和矛盾是有利于其成长壮大的.
统治阶级内部更加矛盾重重.由于他不理朝政,大臣的奏章,他的谕旨,全靠内侍传达.册立太子的大事久拖不决,导致官僚集团各派之间互相火并,党争也愈演愈烈.东林党人与邪党的斗争水火不容,持续了很久,明王朝到了崩溃的边缘.万历四十八年(1620年),朱翊钧在内外交困、风雨飘摇中死去,终年58岁.葬于定陵,谥号范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝,庙号为神宗.
