武则天垂拱二年（686年）,狄仁杰出任宁州（今甘肃宁县、正宁一带）刺史.其时宁州为各民族杂居之地,狄仁杰注意妥善处理少数民族与汉族的关系,“抚和戎夏,内外相安,人得安心”,郡人为他勒碑颂德.是年御史郭翰巡察陇右,宁州歌狄刺史者盈路,郭翰返朝后上表举荐,狄仁杰升为冬官（工部）侍郎,充江南巡抚使.狄仁杰针对当时吴、楚多淫祠的弊俗,奏请焚毁祠庙1700余所,唯留夏禹、吴太伯、季札、伍员四祠,减轻了江南人民的负担.垂拱四年（688年）,博州刺史琅琊王李冲起兵 狄仁杰刻像
反对武则天当政,豫州刺史越王李贞起兵响应,武则天平定了这次宗室叛乱后,派狄仁杰出任豫州刺史.当时,受越王株连的有六、七百人在监,籍没者多达5000人.狄仁杰深知大多数黎民百姓都是被迫在越王军中服役的,因此,上书武则天说：“此辈咸非本心,伏望哀其诖误.”武则天听从了他的建议,特赦了这批死囚,改杀为流,安抚了百姓,稳定了豫州的局势.其时,平定越王李贞的是宰相张光弼,将士恃功,大肆勒索.狄仁杰没有答应,反而怒斥张光弼杀戮降卒,以邀战功.他说：“乱河南者,一越王贞耳.今一贞死而万贞生.”“明公董戎三十万,平一乱臣,不戢兵锋,纵兵暴横,无罪之人,肝脑涂地.”“但恐冤声腾沸,上彻于天.如得上方斩马剑加于君颈,虽死如归.”狄仁杰义正辞严,张光弼无言可对,但怀恨在心,还朝后奏狄仁杰出言不逊.狄仁杰被贬为复州（今湖北沔阳西南）刺史,入为洛州司马. 狄仁杰的才干与名望,已经逐渐得到武则天的赞赏和信任.天授二年（691年）九月,狄仁杰被任命为地官（户部）侍郎、同凤阁鸾台平章事,开始了他短暂的第一次宰相生涯.身居要职,狄仁杰谨慎自持,从严律己.一日,武则天对他说：“卿在汝南,甚有善政,卿欲知谮卿者乎?”狄仁杰谢曰：“陛下以臣为过,臣当改之；陛下明臣无过,臣之幸也.臣不知谮者,并为善友.臣请不知.”武则天对他坦荡豁达的胸怀深为叹服. 狄仁杰官居宰相,参与朝政之时,也正是武承嗣显赫一时,踌躇满志之日.他认为狄仁杰将是他被立为皇嗣的障碍之一.长寿二年（693年）正月,武承嗣勾结酷吏来俊臣诬告狄仁杰等大臣谋反,将他们逮捕下狱.当时法律中有一项条款：“一问即承反者例得减死.”来俊臣逼迫狄仁杰承认“谋反”,狄仁杰出以非常之举,立刻服了罪：“大周革命,万物惟新,唐室旧臣,甘从诛戮,反是实!”来俊臣得到满意的口供,将狄仁杰等收监,待日行刑,不复严备.狄仁杰拆被头帛书冤,置棉衣中,请狱吏转告家人去其棉.狄仁杰的儿子狄光远得其冤状,持书上告.武则天召狄仁杰等“谋反”的大臣面询：“承反何也?”狄仁杰从容不迫地答曰：“向若不承反,已死于鞭笞也.”又问：“何为做谢死表?”答曰：“臣无此表.”武则天令人拿出谢死表,才弄清楚是伪造的.于是下令释放此案7人,俱贬为地方官.狄仁杰被贬为彭泽令.如此,狄仁杰运用自己的才智机谋死里逃生.以后,武承嗣欲根除后患,多次奏请诛之,都被武则天拒绝. 在彭泽（今江西彭泽）令任内,狄仁杰勤政惠民.赴任当年,彭泽干旱无雨,营佃失时,百姓无粮可食,狄仁杰上奏疏要求朝廷发散赈济,免除租赋,救民于饥馑之中.万岁通天元年（696年）十月,契丹攻陷冀州（今河北临漳）,河北震动.为了稳定局势,武则天起用狄仁杰为与冀州相邻的魏州（今河北大名一带）刺史.狄仁杰到职后,改变了前刺史独孤思庄尽趋百姓人城,缮修守具的作法,让百姓返田耕作.契丹部闻之引众北归,使魏州避免了一次灾难.当地百姓歌颂之,相与立碑以记恩惠.不久,狄仁杰升任幽州都督. 狄仁杰的社会声望不断提高,武则天为了表彰他的功绩,赐给他紫袍、龟带,并亲自在紫袍上写了“敷政木,守清勤,升显位,励相臣”十二个金字.神功元年（697年）十月,狄仁杰被武则天召回朝中,官拜鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事,加银青光禄大夫,兼纳言,恢复了宰相职务,成为辅佐武则天掌握国家大权的左右手.此时,狄仁杰已年老体衰,力不从心.但他深感个人责任的重大,仍然尽心竭力,关心社会命运和国家前途,提出一些有益于社会和国家的建议或措施,在以后几年国家的社会政治生活中发挥了巨大的作用. 圣历元年（698年）,武则天的侄儿武承嗣、武三思数次使人游说太后,请立为太子.武则天犹豫不决.狄仁杰以政治家的深谋远虑,劝说武则天顺应民心,还政于庐陵王李显.当时,大臣李昭德等曾劝武则天继续以四子李旦为嗣,但没有为武则天接受.对武则天了解透彻、洞烛机微的狄仁杰从母子亲情的角度从容地劝说她：“立子,则千秋万岁后配食太庙,承继无穷；立侄,则未闻侄为天子而附姑于庙者也.”武则天说：“此朕家事,卿勿预知.”狄仁杰沉着而郑重地回答：“王者以四海为家.四海之内,孰非臣妾?何者不为陛下家事!君为元首,臣为股肱,义同一体.况臣位备宰相,岂得不预知乎?”最终,武则天感悟,听从了狄仁杰的意见,亲自迎接庐陵王李显回宫,立为皇嗣,唐祚得以维系.狄仁杰因此被历代政治家、史学家称为有再造唐室之功的忠臣义士. 圣历元年（698年）秋,突厥南下骚扰河北.武则天命太子为河北道元帅、狄仁杰为副元帅征讨突厥.时太子不行,武则天命狄仁杰知元帅事,亲自给狄仁杰送行.突厥默啜可汗尽杀所掠赵、定等州男女万余人退还漠北,狄仁杰追之不及,武则天改任他为河北道安抚大使.面对战乱后的凋残景象,狄仁杰采取了四条措施：一、上疏请求赦免河北诸州,一无所问,使被突厥驱逼行役的无辜百姓乐于回乡生产.二、散粮运以赈贫乏.三、修驿路以济旋师.四、严禁部下侵扰百姓,犯者必斩.很快恢复了河北的安定. 久视元年（700年）,狄仁杰升为内史（中书令）.这年夏天,武则天到三阳宫避暑,有胡僧邀请她观看安葬舍利（佛骨）,奉佛教为国教的武则天答应了.狄仁杰跪于马前拦奏道：“佛者,夷狄之神,不足以屈天下之主.彼胡僧诡橘,直欲邀致万乘所宜临也.”武则天遂中道而还.是年秋天,武则天欲造浮屠大像,预计费用多达数百万,宫不能足,于是诏令天下僧尼日施钱以助.狄仁杰上疏谏曰：“如来设教,以慈悲为主.岂欲劳人,以在虚饰?”“比来水旱不节,当今边境未宁.若费官财,又尽人力,一隅有难,将何以救之?”武则天接受了他的建议罢免了其役. 作为一名精忠谋国的宰相,狄仁杰很有知人之明,也常以举贤为意.一次,武则天 狄仁杰肖像
让他举荐一名将相之才,狄仁杰向她推举了荆州长史张柬之.武则天将张柬之提升为洛州司马.过了几天,又让狄仁杰举荐将相之才,狄仁杰曰：“前荐张柬之,尚未用也.”武则天答已经将他提升了.狄仁杰曰：“臣所荐者可为宰相,非司马也.”由于狄仁杰的大力举荐,张柬之被武则天任命为秋官侍郎,又过了一个时期,升位宰相.后来,在狄仁杰死后的神龙元年（705年）,张柬之趁武则天病重,拥戴唐中宗复位,为匡复唐室作出了巨大的贡献.狄仁杰还先后举荐了桓彦范、敬晖、窦怀贞、姚崇等数十位忠贞廉洁、精明干练的官员,他们被武则天委以重任之后,政风为之一变,朝中出现了一种刚正之气.以后,他们都成为唐代中兴名臣.对于少数民族将领,狄仁杰也能举贤荐能.契丹猛将李楷固曾经屡次率兵打败武周军队,后兵败来降,有关部门主张处斩之.狄仁杰认为李楷固有骁将之才,若恕其死罪,必能感恩效节,于是奏请授其官爵,委以专征,武则天接受了他的建议.果然,李楷固等率军讨伐契丹余众,凯旋而归,武则天设宴庆功,举杯对狄仁杰说“公之功也”.由于狄仁杰有知人之明,有人对狄仁杰说：“天下桃李,悉在公门矣”. 当时 姚崇 为宰相
