1、1996年：工藤新一被灌下毒药,变成江户川柯南,在博士的帮助下,瞒天过海寄居毛利侦探事务所.开始用博士的工具进行推理. 2、1997年：柯南被“黑暗组织”绑架,“幕后凶手”原来是优作和有希子恶作剧；平次出场并得知柯南真实身份；怪盗基德首次登场. 3、1998年：柯南走投无路,连续遇到两大杀人案件；兰开始极力劝说小五郎与英理和好. 4、1999年：神秘成员“sherry”（灰原哀）出现.由于唯一的姐姐被GIN所杀,试图脱离黑暗组织,吞下APTX4869,变小后被阿笠博士收养. 5、2000年：兰与和叶和好；柯南负伤,兰怀疑柯南是新一,捐血救柯南,少年侦探团脱离生死之地；新一回来了. 6、2001年：和叶渴望永驻容颜,而在美国岛发生杀人案件,与平次差点坠崖；佐藤开始对高木有好感. 7、2002年：大阪发生惨案；柯南发现外国教师朱蒂和一个神秘的叫赤井秀一的人很有问题,怀疑跟黑暗组织有关. 8、2003年：高木和佐藤这一对“恋人”注定情缘.并首次曝光佐藤的初恋情人－——在3年前在爆炸中因公殉职的松田阵平；黑暗组织和柯南与哀的交集逐渐增加,组织中的人物接连登场. 9、2004年：组织大对决,新出医生是贝尔摩德的假扮,朱蒂和赤井秀一居然是FBI的成员. 10、2005年：怪盗基德再次出现；甲子园发生爆炸案,跟组织有关的实情逐渐明朗. 11、2006年：新组织成员基尔出现,柯南身边又有一个本堂瑛佑的人作鬼,情况恶化. 12、2007年：水无怜奈意识尚未恢复,并调查出本堂瑛佑父亲神秘举动的一张照片. 13、2008年：红与黑的碰撞系列,对组织的历史有进一步揭露,获悉水无怜奈的身份,着重刻画赤井秀一,系列的最后赤井秀一死亡（很可能伪装）.本堂瑛佑同时知道了柯南的真实身份（其中有一段说本堂瑛佑要跟兰告白,但因为柯南的原因,没告白成）. 14、2009年：（521~525）柯南又一次变回了新一. 15、2010年至今：赤井秀一出现.（但有可能是波本（Bourbon）假扮的,因为在564集中秀一是右手开枪,而真正的秀一是左撇子）
