林肯的当选,打破了南方种植园主长期控制政府的局面.种植园主当然不愿意让一个主张废除奴隶制度的人当总统,他们就在林肯就职以前发动了叛乱.1861年 2月,南部各州宣布脱离联邦政府,建立了一个“美利坚邦联”,还推选出大种植园主戴维斯当“总统”.这一年4月,他们不宣而战,进攻并且占领了东部政府军把守的萨姆特要塞.奴隶主们的反叛,迫使林肯在刚上任的时候,就不得不宣布对南方作战了.
很明显,南方的叛乱是为了维护奴隶制.可是,当时林肯政府并没有认识到废除奴隶制度、解放黑奴是赢得这场战争的关键.林肯为了稳住全国的局面,还不愿意同奴隶主彻底决裂而幻想和他们达成暂时的妥协.所以,尽管北方在经济、交通和人数上都比南方优越,而林肯没有采取坚决的政策,发动人民去进行斗争.他只是为了联邦的统一被迫作战.这样就给了南军可乘之机.南军仗着优良的装备和训练有素的部队,在战争初期占了上风.北军则毫无准备,又缺乏作战经验和坚定的方针,结果接连败退,连首都华盛顿也受到威胁,险些被攻破.
林肯政府这种软弱无能的状况,引起了北方人民的不满.他们愤怒地走上街头,举行示威游行.在华盛顿,在纽约,在北方各地,都响起了工人、农民和知识分子的呼声：
“清除反革命分子!”
“立即解放黑奴!”
“把土地分给农民!”
这些口号表明了人民最强烈的要求,也击中了林肯政府的要害.同时,北方的自由黑人成立了“解放联盟”,呼吁废除奴隶制；南方的黑奴纷纷逃离了种植园,展开了反对奴隶主的游击战.
人民的行动震醒了林肯.他对大家说：“我们的战争情况越来越糟,差不多快输完最后一张牌了.现在必须改变策略,否则全局就得输光.为了这个,我决定采取解放黑人奴隶的政策!”
1862年9月22日这一天,在内阁会议上,林肯严肃地读着他早已修改多次的《解放黑奴宣言》.宣言说,从1863年1月1日起,所有参加叛乱的各州种植园的奴隶,都被认为是自由人.他们有在陆军和舰队里服兵役的权利.内阁通过了这个宣言.
两天以后,宣言发表了.这天早晨,总统官邸前面站满了人.铜管乐队奏起了雄壮的乐曲,歌手们尽情地唱着歌,庆祝宣言的发表.随后,林肯站在阳台上向人们演讲.他说：“现在是全国和全世界对宣言作出判断、采取行动的时候了.战士们正在用他们的鲜血和生命换取这个国家未来的幸福和繁荣昌盛.我希望战士们支持我,和我站在一起!”
在这以前,林肯政府还颁布了《宅地法》,允许那些连续5年在西部耕种的农民分得土地.
这些措施遭到了一些保守的政客的反对,但是得到了广大人民的支持.尽管《解放黑奴宣言》没有宣布解放全部奴隶（到1865年1月,美国国会才决定修正宪法,规定在美国全部领土上禁止奴隶制）,人民还是热情地称赞了它.南北战争转变成了一场盛大的革命.当1863年1月1日,第二个《解放黑奴宣言》（也就是《最后解放宣言》）正式颁布的时候,很多地方都鸣礼炮100响表示祝贺,人们通宵达旦地举行集会,尽情地唱啊,笑啊,表达了他们欢乐的感情.这一天被称为“伟大的日子”.
人民的支持很快转变成为坚不可摧的力量.工人参战了；获得了土地的农民参战了；解放了的黑奴参战了.北方参战的工人几乎占了工人总数的二分之一,著名工人领袖魏德迈等人都亲自参加了战斗.直接参加战斗的黑人达到了18.6万人,他们作战非常勇敢,平均每三个黑人中就有一个人为解放事业献出了生命.各国工人阶级都支持这场战争,马克思还亲自写信给林肯,对他表示祝贺.
在这种形势下,南北战争的局面很快扭转了.北军开始掌握了主动权,取得了一个又一个的胜利.士兵们高唱着“约翰·布朗的精神引导着我们前进”这样激动人心的歌,勇猛地打击着敌人.在很多地方,联邦的旗帜又重新飘扬起来.1865年4月,北军著名将领格兰特和谢尔曼率领军队攻占了南军的“首都”里士满,南军宣布投降.打了4年的南北战争结束了.
