关于仓央嘉措的行事和命运有了不同的说法.
其一：仓央嘉搭在民间已形成了自由而空灵的个性,向往自由自在的生活.年轻英俊、才华横溢的仓央嘉措时常在夜深之时偷偷离开布达拉宫,到民间约会.其行径放荡不羁,不守戒律,使第巴大为恼火.从而也给拉藏汗找到口实.
其二：仓央嘉措在刻苦修行的同时,也写了些诗歌以表达自己对修行的理解和观想（他的诗歌从密宗角度出发,全能做出宗教上的解释）.而拉藏汗出于政治目的却利用这点（诗歌在写作手法上多用借喻）大作文章,再另加上其它一些诗文,假说出自仓央嘉措之手,四处造谣.从而达到取得其“行为不检”的罪证.
关于仓央嘉措被黜后的命运大致有两种说法：在解送京师的途中,拉藏汗曾三次谋害其于途中,均被当地僧众所救,行至青海湖（位于青海省海西藏族自治州）湖畔圆寂.一说病死,一说被杀,没留下尸体,时年仅24 岁.另一种说法则是仓央嘉措行至青海湖后,于一个风雪夜失踪.后半生周游印度、尼泊尔、康藏、甘、青、蒙古等处,继续宏扬佛法.
此外还另有一新的说法：六世达赖解送至内地后,软禁于五台山,并在五台山圆寂.
无论结局怎样,仓央嘉措的命运都是悲惨的,是政治斗争中的牺牲品.
关于仓央嘉措所写的诗歌不仅在解释上不同,在数量上也有不同的说法：有十九首,五十余首,三百六十余首,甚至于上千首,尚有待于考查.
仓央嘉措宛若黑夜中一支的莲花,在狂风骤雨的摧残下还来不及吐露芳华,就已凋谢.有关他的种种,就这样在历史的长河中惊鸿一瞥,又匆匆消逝.给人们留下的是神秘的猜测和优美流畅的诗歌,以及那最不可测的命运.
补充：拉藏汗在废黜仓央嘉措后就新立了一个自己的六世达赖,然而并不为广大佛众所接受.不久,又立了第三位六世达赖,这位出生于理塘（仓央嘉措在他的一首诗中曾就下一届达赖喇嘛的出生地,做出过准确的预言）的小灵童,就是后来的七世达赖喇嘛格桑嘉措(1708-1756年).而六世达赖仓央嘉措始终在广大藏族民众心目中保持着崇高的地位.
