蛋白质在生物体内的分解有两种,一种是经口摄取的食物蛋白质在消化道内通过酶促作用而分解；另一种是在细胞内各种蛋白质和酶的代谢更新.在消化道内的蛋白质,由于受胃液的胃蛋白酶、胰液的胰蛋白酶、糜蛋白酶等肽链内切酶的作用而分解为多肽.随后,由于胰液或小肠上皮中的肽酶的作用而分解成氨基酸.氨基酸由肠壁吸收,输送到各内脏器官,而其中的一部分作为合成原料而再被利用.当糖类、脂类等能源不足时,蛋白质就分解,其氨基酸便代替糖类和脂类而被利用.最近,对于细胞内的蛋白质代谢及其控制机制已引起了很大的重视.例如,据说鼠肝细胞的蛋白质在4—5天内约有70％可更新.因为肝细胞的平均寿命是160-400天,十分明显,肝脏中的大部分蛋白质的分解并非是随细胞的死亡而进行的.如果测定各种细胞内的细胞器的蛋白质代谢更新速度时,就可知道,线粒体、溶酶体等的半衰期平均为6.8和7.1天.粗面和滑面内质网,细胞膜等平均半衰期短到2天左右,其中各结构的蛋白质的更新率也是各不相同的.例如,在内质网中细胞色素b3的半衰期约120天,但NADPH-细胞色素C还原酶的半衰期约为80小时,这在测定细胞内各部分的可溶性成分中各种酶的更新率时,就可看到有相当大的差异.例如,胶原几乎显不出有更新率,可是线粒体的δ-氨基乙酰苯酸合成酶则显示出半衰期只约有60分钟,这是细胞内酶中半衰期最短的,其他酸的代谢更新率也比它要长,存于可溶性部分的许多酶平均为3—3.5天.大体上已知其半衰期在1.5小时到5天之间.所有的酶都显有其固有的代谢更新率,因此,可以推测,在细胞内对蛋白质分解过程存有某种调节机构,但其实质还不清楚.他们之间的关系是：在身体内是先消耗分解糖,然后再是脂肪,最后才是蛋白质,有些蛋白质还是催化剂,糖和脂都被它分解
