1957年6月8日,《人民日报》发表社论《这是为什么?》,此后,中共领导的整风运动转入反右.1957年11月11日,《光明日报》社务委员会邀请各民主党派中央负责人及马寅初等无党派人士举行会议,决定正式撤销右派分子章伯钧的《光明日报》社社长职务、右派分子储安平的《光明日报》总编辑职务,任命杨明轩为社长,陈此生为副社长兼总编辑.马寅初及其人口论并未受到中央层面的重点批判.从1957年至1959年,《人民日报》仅发表了三篇涉及批评马寅初的文章.1957年10月4日,《人民日报》发表署名李普的《不许右派利用人口问题进行政治阴谋》,1958年6月6日,《人民日报》发表署名“权仲”的《我国人口和就业问题》,1959年4月15日发表署名“若水”的《人口与人手》.这三篇文章中,署名“权仲”的《我国人口和就业问题》点了马寅初的名字,其他两篇未直接点名.三篇文章的批判重点都不是马寅初.
1958年,中华人民共和国开展了民主党派整风和高校“双反”运动.1958年1月,马寅初的《我的经济理论、哲学思想和政治立场》一书出版.其后,《计划经济》发表了针对马寅初的经济理论进行商榷的文章,《经济研究》和《教学与研究》也启动了刊发商榷文章的活动.1958年4月19日,民主党派共同主办的《光明日报》以反映全国“双反”运动的形式,在新开辟的“读书”栏目第3期上以“选自北京大学的大字报”的方式,刊登了韩佳辰的《“团团转的联系”不是唯物辩证法——评马寅初著〈我的经济理论、哲学思想和政治立场〉》以及中国革命史教研室周家本、强重华的《评马寅初的“新人口论”》这两张大字报,由此揭开了批判马寅初的序幕.5月9日,《光明日报》刊登了马寅初《再谈我的平衡论中的“团团转”理论》一文,文中马寅初进行了申辩.此后,《光明日报》刊登了一批批判马寅初的文章.6月1日,《光明日报》以“学术动态”综述的方式刊发了《是无产阶级思想?还是资产阶级思想?学术界对马寅初论著展开辩论》,提升了批判调门.6月6日《人民日报》发表权仲的《我国人口和就业问题》点了马寅初的名字后,《光明日报》一度加速刊登批判马寅初的文章.11月29日,《光明日报》在“彻底批判资产阶级学术思想”的标题下,发表了“北京大学经济系批判马寅初经济思想小组”的3篇批判文章,此后,《光明日报》暂停了对马寅初的批判.截至1958年11月份,《光明日报》发表了37篇批判马寅初的文章,其他中国各报刊（2家报纸,10家学报或学术期刊）公开发表了30篇批判马寅初的文章,合计67篇.这些批判指控马寅初的新人口论源于马尔萨斯人口论,企图怀疑社会主义优越性,蔑视人民大众,等等.
1959年,马寅初仍然正常参加各种国事活动.3月12日,继续当选第二届全国人大代表.4月12日,当选第三届全国政协委员.4月27日,当选第二届全国人大常委会委员.5月2日,马寅初作为中苏友好协会副会长参加了中苏友协第三次全国代表会议,并当选为新一届理事.5月3日,马寅初参加首都纪念“五四”40周年纪念活动,在主席台前就座.9月15日,马寅初参加了毛泽东主席邀请各民主党派团体负责人会议.9月28日,马寅初在中华人民共和国成立10周年庆祝大会上和毛泽东、刘少奇等党和国家领导人在主席台就座
1959年底之前,仅有《新建设》、《经济研究》、《厦门大学学报》各刊登1篇批判马寅初的文章.
马寅初与新人口论及研讨会(17张)
1959年3月,马寅初要求《北京大学学报》第1期全文转载其分4天刊登在《光明日报》的《再论平衡论和团团转》.《新建设》1959年11月号和《北京大学学报》第5期同时发表了马寅初写的《我的哲学思想和经济理论》一文.此后,《光明日报》1960年1月开始、《新建设》1959年12月号等报刊接连发表批判文章.1959年12月19日,《新建设》杂志向中共北京大学党委（陆平任党委第一书记）发来一封信函,内称马寅初送来《重申我的请求》一文,要求发表在《新建设》1960年1月号上,《新建设》杂志将该文随此信函寄给中共北京大学党委,希望后者审看.12月24日,北京大学“人口问题研究会举行学术讲演会”“批判马寅初‘人口论’”.自此至1960年1月,北京大学的北京大学毛泽东经济思想学习研究会、北京大学毛泽东哲学思想学习会、北京大学人口问题研究会掀起了批判马寅初的高潮.1960年1月11日,上述三个学会联合召开“马寅初经济理论哲学思想和政治立场讨论会”,会上除了一些教师发言外,校办秘书韩苹卿揭发马寅初持有巨额股票,并揭发马寅初反对土地改革,同情右派分子罗隆基和章伯钧、章乃器.韩苹卿的揭发激起了与会者的公愤,马寅初遭到与会者围攻.
在特定的历史条件下,《新人口论》受到极不公正的谴责.当他在气势汹汹的大批判、大围攻面前公开声明：“我虽年近八十,明知寡不敌众,自当单枪匹马出来迎战,直到战死为止”.又说：“因为我的理论有相当把握,不能不坚持,学术的尊严不能不维护,只得拒绝检讨”.“不怕油锅炸,即使牺牲自己的性命也在所不惜!”时,表现了一个社会主义科学家维护学术尊严,为真理献身的非凡勇气和高尚品德.
由于批判马寅初的人口理论,中国人口继续增加.后来人称“错批一人、误増三亿”.
1960年1月12日,马寅初血压升至190,住院治疗.1960年1月13日,《北京大学校刊》报道了上述三个学会联合批判马寅初的会议情况,以及陈岱荪等人在会上的批判发言.此后,北京大学再无关于马寅初的消息发表.
1960年,《新建设》1960年1月号发表了马寅初《重申我的请求》,内称,“过去二百多位先生所发表的意见多是大同小异,新鲜的东西太少,不够我学习”.1960年1月,马寅初请辞北京大学校长职务.3月28日,国务院决定免去马寅初北京大学校长职务.
此后,马寅初的政治和生活待遇均未发生变化,仍任第二届全国人大常委等职务.1962年1月,马寅初到浙江嵊县视察,“患肺炎,此后元气大伤,双腿行动不便”.1963年又被免去第二届全国人大常务委员会委员职务.此后长期蛰居寓所,撰写探索中国农业经济规律的巨著——《农书》,至1965年完成初稿,约100万字,在文化大革命中,被付之一炬.1965年,马寅初一条腿瘫痪.
1982年5月10日,马寅初走完了整整一个世纪的人生历程,驾鹤西行,魂归道山.享年101岁,应了中国的一句老话——仁者寿.
