Mary,don't fill the form --pencil but --ink

in :表示媒体、手段、材料等
例如：speak in English;write in ink,in pencil：表示手段
with:(a)用以表示使用的工具或器具.
例如：He hit it with a hammer
(b)用以表示使用的材料或者物件.
例如:fill the bowl with salt
介词的辨析通常可以通过其英语的解释和惯常的用法来把握